央视新剧《扫毒风暴》再次带来一场紧张刺激的刑侦大戏。90年代西港旧戏楼枪声乍起，一名女枪手瞄准戏楼外脚手架上的毒贩老鬼开枪，老鬼中枪坠落，捂住腰部仓皇逃窜。附近的毒贩听到枪声也立刻逃跑。埋伏在附近的刑警队长林强峰迅速冲入戏楼，指挥众人躲避。缉毒大队的杨威、老班、大壮闻声而来，混战一触即发。与此同时，当地毒贩龙哥逼迫镇长金永祥砍下别人的手，并质问金永祥关于被查到的那批货赚了多少。
这部剧背景设定在90年代的西港小城，讲述了缉毒战役的惊险和双雄博弈的冷峻。故事开场，1995年，缉毒警林强峰结束卧底生涯，调任西港市禁毒支队。刚回支队第一天，就遇到海关查获两公斤冰毒大案。林强峰立刻投身侦缉，原缉毒支队的“三剑客”也被调任第二刑侦大队。卢少骅一家因走私毒品被牵扯出来，其兄卢少东在儿子婚礼上被警察带走。更讽刺的是，结婚的正是卢少东之子与当地海关缉私科科长。
紧接着，卢少骅回家发现手下阿胜惨死家中，身上竟“长”出了一棵树。调查发现，阿胜曾与老鬼有过毒品交易。不久后，老鬼也被毒贩康叔一枪放倒。这些事件是否与新型毒品有关？随着林强峰的调查，三大悬疑点逐渐展开：林强峰潜伏期间发生了什么？卢少骅是如何堕入黑暗的？西港贩毒集团之间有什么矛盾？
