据台湾媒体报道，海峡论坛结束后，台陆委会宣布将对花莲、云林、南投、屏东等地多个农会及农渔企业进行行政查处，甚至由台农业主管部门提供查处意见。国民党籍民意代表许宇甄批评称，民进党当局不帮农渔民找出路，反而忙着断农民生路；不去找订单，却忙着找农民麻烦；不去开拓市场，却忙着开罚单，质疑其究竟是在照顾农民，还是在整肃农民。
许宇甄表示，台湾农产品卖得出去，农民有收入，本应是民进党当局最基本的责任。如今地方政府、农会及农渔企业努力替农民争取商机，民进党当局非但没有给予协助，反而要进行行政调查与政治恫吓。这种做法犹如看到农民挑着担子找市场，当局不是帮忙铺路，而是在路口设路障，令人匪夷所思。
许宇甄批评赖清德当局把两岸交流当成政治禁区，把农产品销售当成政治问题。她质疑，这种政治追杀会在基层形成寒蝉效应，今天查农会、查农民团体，明天是不是要查学校、查工商团体等？未来是不是连推销农产品都要先看政治立场、先向民进党报备？
许宇甄强调，农民需要的是市场，不是政治；需要的是订单，不是罚单；需要的是出路，不是封路。若真心照顾农民，就请拿出本事帮农产品找到更好的市场，而不是把公家机器变成打压农民的工具。
另据报道，台东县长饶庆铃录制推广水果的视频在大陆海峡论坛活动播放后，台陆委会扬言进行行政查处。国民党前主席朱立伦表示，饶庆铃代表农民发声，应该受到鼓励与支持。陆委会如果做这样的事，那就是“陆障队”，专门制造所有路障，让两岸交流受到阻挠。
第十八届海峡论坛在厦门举行期间，举办了十项促进两岸交流合作的政策措施对接签约会。大陆企业与来自台湾多地的企业和商协会进行签约，包括采购台湾一些农渔产品。由于民进党当局阻挠，饶庆铃只能改以视频致辞方式参与此次签约会，但仍有民进党政客声称将交由主管机关查处。国台办发言人陈斌华表示，签约会使台湾部分县市的凤梨释迦等农渔产品更为便捷输入大陆，为台湾中南部农渔民开拓销路、增加收入。对于这样的好事，民进党当局却大唱反调，质疑其是否与台湾的农渔民朋友作对，并指责其扬言要对为果农讨生计的县市长秋后算账，认为这是“绿色恐怖”、恶人当道。