2026年9月30日，日本爱知县名古屋市市长广泽一郎在新闻发布会上公开道歉，表示必须向遇到困扰的运动员和其他相关人士道歉，并对安排不周的情况进行深刻反省。这是自9月19日赛事开幕以来，组委会高层首次就运营失误作出正式表态。而作为组委会主席的爱知县知事大村秀章截至当日未就任何运营问题公开回应。
9月26日，组委会事务总长村手聪已就后勤问题致歉，承认工作人员缺乏大型赛事运营经验，实际报名人数超过预期。两天后，广泽一郎在记者会上又明确表示，无法确认相关问题是否由削减经费引发。经费不足与人为失误两条解释在同一场发布会上同时存在，彼此并未被对方覆盖。
本届亚运会未新建集中式运动员村。9月15日，“歌诗达赛琳娜号”邮轮停靠名古屋金城码头，与集装箱房屋、分散酒店共同承担住宿功能。亚奥理事会统计参赛总人数约17000人，超出组委会预设的15000人接待上限2000人。9月22日，组委会官网声明将部分入住混乱归咎于“代表团提交的登记文件存在问题”，但村手聪9月26日的致歉中又承认“部分此前制定的应对规则未能得到遵守”。同一套住宿系统既承担超额人数，又遭遇文件错配和规则失守，两个层面的压力叠加在同一批基础设施上。
曲棍球比赛赛前，工作人员误将韩国国歌播放为朝鲜国歌。运送巴基斯坦男子排球队的大巴走错赛场，导致该场比赛推迟。两起事件均发生在赛事开幕后一周内，涉及不同项目、不同国家代表团、不同环节，均属于可明确归因于执行层面的操作失误。